7  Connexion à des données distantes

7.1 Stockage S3

7.1.1 Description

Le stockage S3 est une solution de stockage objet, similaire à celle utilisée par Nextcloud. Cette option est idéale pour le stockage de fichiers et documents.

7.1.2 Mise en place

  1. Création du bucket

  2. Configuration de la connexion

    Utilisez le package aws.s3 dans R pour interagir avec votre bucket :

    library("aws.s3")

# Configuration des variables d'environnement
Sys.setenv(
  "AWS_ACCESS_KEY_ID" = "<VOTRE_ID_KEY>",
  "AWS_SECRET_ACCESS_KEY" = "<VOTRE_SECRET_KEY>",
  "AWS_DEFAULT_REGION" = "s3-tls",  # Voir note ci-dessous
  "AWS_S3_ENDPOINT" = "stockage.inra.fr"
)

# Liste des buckets disponibles
bucketlist()

    Note importante : La région (AWS_DEFAULT_REGION) doit correspondre au début de l’adresse S3 visible dans le menu “Accès API” de votre projet sur cloud.inrae.fr.

7.2 Bases de données DSI INRAE

7.2.1 Options disponibles

  1. Bases de données gérées par la DSI
  2. Bases sur machine virtuelle

7.2.2 Configuration requise

  1. Ouverture des ports
  2. Autorisation d’accès
    • Ajouter l’IP SK8 dans les règles d’accès de la base de données
    • Contacter l’équipe SK8 pour obtenir l’IP
  3. Connexion depuis R

    • Utiliser le package DBI et le driver approprié pour votre SGBD

    • Exemple avec PostgreSQL :

      library(DBI)
library(RPostgres)

con <- dbConnect(
  Postgres(),
  host = "xxx",
  port = 5432,
  dbname = "ma_base",
  user = Sys.getenv("DB_USER"),
  password = Sys.getenv("DB_PASSWORD")
)

7.3 Serveurs locaux (SGBD ou SFTP)

7.3.1 Configuration requise

  1. Côté serveur local
  2. Configuration de l’application
    • Utiliser les packages appropriés pour la connexion
    • Gérer les identifiants de manière sécurisée

7.4 Sécurité des identifiants

⚠️ Important : Les identifiants d’accès (clés API, mots de passe, etc.) ne doivent jamais être écrits en clair dans le code.

Pour une gestion sécurisée de vos identifiants :

7.5 Ressources additionnelles