2 Hébergement de son application shiny

2.1 Demande d’hébergement

Pour héberger une application RShiny sur SK8, il faut prendre contact avec l’équipe SK8 en déposant une issue sur le support.

L’équipe SK8 s’occupera alors de vous créer un dépôt configuré compatible avec vos pré-requis où vous pourrez déposer les fichiers de votre application Shiny.

Pour tout problème vous pouvez créer une issue sur le support de préférence ou vous pouvez contacter l’équipe SK8 .

2.2 Informations à fournir lors de la demande

  • Nom Prénom (référent de l’application)
  • Unité / UMR (du référent)
  • Personnes qui auront accès au code de l’application
  • Si le code est privé ou public
  • Type d’application R-Shiny (visualisation, calcul, simulation, etc.)
  • Une description de l’application
  • Le nom de l’application (ou le nom du projet souhaité)
    • attention, il sera utilisé dans l’url d’accès
    • pas de caractères spéciaux
    • les espaces seront remplacés par des “-”
  • Si l’application utilise Golem, renv ou tout autre package R un peu spécifique pour le développement
  • Autres…

Si vous souhaitez être référencé dans le catalogue shiny.sk8.inrae.fr, merci de fournir une image en format png ainsi qu’un descriptiif de l’application.
Le catalogue permet que chaque utilisateur de l’application dispose d’un accès unique à l’application. Contrairement à l’accès standard où plusieurs utilisateurs peuvent se trouver sur la même application et avoir des temps de réponses/réactivités plus long.

2.3 Pré-requis à la demande

2.4 Informations du fonctionnement de l’hébergement

2.4.1 Où sera déposé le code votre application ?

Le code de votre application R-shiny sera hébergé par un gestionnaire de code GitLab sur l’instance https://forgemia.inra.fr/sk8/sk8-apps/.
Merci de vérifier que vous pouvez vous y connecter, sinon contacter l’équipe support de forgemia.

Suivant le type d’application R-Shiny demandé un projet sera créé dans ce groupe sk8-apps, il est possible de créer des sous-groupes (pour votre unité, département,…).

Pour accéder au projet aller à la section Utilisation de GitLab

2.4.2 Dépôt pré-configuré

Le dépôt GitLab créé est préconfiguré pour permettre la création et l’hébergement de l’application sur l’infrastructure du projet SK8.

Dans la plupart des cas vous n’avez rien à faire hormis d’y déposer le code de votre application.

Il se peut que le fichier Dockerfile doive être modifié pour correspondre aux dépendances des packages R (et libraries systèmes associées). Pour savoir comment modifier le Dockerfile se rendre à la section Gestion du Dockerfile.

Le fichier d’automatisation .gitlab-ci.yml peut être modifié suivant si vous voulez une mise à jour automatique ou manuelle. Pour en savoir plus aller à Gestion automatisation.

2.4.3 Accès à l’application

L’application est hébergée dans un cloud Kubernetes dans les infrastructures INRAE, les ressources sont partagées avec les autres utilisateurs du projet SK8.

L’application sera accessible à l’URL :

https://<nom-du-projet>.sk8.inrae.fr

Si votre application est référencé dans le catalogue SK8 votre application sera accessible à l’URL :

https://shiny.sk8.inrae.fr/app/<nom-du-projet>
ou directement sans l’entête https://shiny.sk8.inrae.fr/app_direct/<nom-du-projet>

Exemple:

Le projet Gitlab : https://forgemia.inra.fr/sk8/sk8-apps/monunite/monprojet
L’URL d’accès : https://monprojet.sk8.inrae.fr/ et https://shiny.sk8.inrae.fr/app/monprojet/

La première fois, la création de l’application peut prendre quelques dizaines de minutes. Par la suite, l’application sera mise à jour en quelques minutes.

Pour en savoir plus aller à la section Fonctionnement du dépôt de mon application.